ตำบลนาเกษม จัดตั้งขึ้นเมื่อ ปี พ.ศ.2522 มีประวัติความเป็นมาของหมู่บ้านพอสังเขป ดังนี้ ตำบลนาเกษม เดิมชื่อ "บ้านกันต๊วน" แยกออกมาจากตำบลแก้ง อำเภอเดชอุดม จังหวัดอุบลราชธานี เมื่อ พ.ศ. 2522 ประชาชนส่วนใหญ่เดิมอพยพมาจากจังหวัดศรีสะเกษ โดยเข้ามาจับจอง บุกเบิก ที่ทำกิน ตั้งบ้านเรือนเป็นกระจุกๆ ตามเครือญาติ ขนานกันไปกับเส้นทางคมนาคม ภาษาและประเพณีดั้งเดิม เป็นลักษณะไทยอีสาน ตำบลนาเกษมเป็นตำบลหนึ่งในจำนวน 5 ตำบลของอำเภอทุ่งศรีอุดม จังหวัดอุบลราชธานี องค์การบริหารส่วนตำบลนาเกษม ได้จัดตั้งตามประกาศ ลงวันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2540